viernes, 7 de diciembre de 2012

2.4 Corte y unión de moluculas de ADN


Enzimas de restricción: producción de fragmentos de DNA para recombinación.Las enzimas de restricción o endonucleasas de restricción fueron descubiertas por Werner Aber, Hamilton Smith y Daniel Nathans. Estas son enzimas sumamente específicas que catalizan la hidrólisis de los enlaces fosfodiéster de los ácidos nucleicos y son capaces de cortar ambas hebras del DNA en lugares específicos, creando de esta manera una serie de fragmentos.
                                                 
Las enzimas de restricción trabajan únicamente sobre secuencias específicas de bases nitrogenadas, el lugar donde se produce el corte se denomina sitio de restricción y producen dos tipos de corte:

(1) corte con extremos cohesivos y

(2) corte con extremos romos

  

Los extremos cohesivos dejan porciones lineales a ambos lados del fragmento, es decir, quedan pequeñas secuencias de bases sin aparear a cada lado, siendo éstas complementarias entre sí, mientras que los extremos romos son aquellos en los que no queda una porción lineal a ninguno de los lados.De acuerdo a la especificidad de las enzimas de restricción, se conocen dos tipos:

-las enzimas de tipo I cortan en un sitio cercano al sitio de restricción, a una distancia que varía aleatoriamente, y por ello no se suelen emplear para DNA recombínate.

-Las de tipo II reconocen y cortan en la secuencia específica, y son las más empleadas en este tipo de protocolos por su alta precisión.

-Las enzimas de restricción de tipo III son similares a las de tipo II en cuanto a la precisión del lugar de corte, pero se diferencian de éstas en que sólo cortan entre nucleótidos del mismo tipo, por ejemplo entre dos adeninas.

La tecnología del DNA recombinante utiliza técnicas que provienen de la bioquímica de los ácidos nucleicos unidas a metodologías genéricas desarrolladas originalmente para la investigación de bacterias y de virus. La utilización del DNA recombinante es una herramienta poderosa para  el aislamiento de poblaciones puras de secuencias específicas de DNA a partir de una población de secuencias mezcladas. Los procedimientos  básicos incluyen una serie de pasos:
1. Los fragmentos de DNA se generan utilizando unas enzimas denominadas endonucleasas de restricción, que reconocen y cortan las moléculas de DNA por secuencias nucleotídicas específicas.
2. Los fragmentos producidos mediante la digestión con enzimas de restricción se unen a otras moléculas de DNA que sirven de vectores.  Los  vectores pueden replicarse autónomamente en una célula huésped y facilitan la manipulación de la molécula de DNA recombinante  recién creada.
3. La molécula de DNA recombinante, formada por un vector que lleva un segmento de DNA insertado, se transfiere a una célula huésped.  Dentro de esta célula, la molécula de DNA recombinante se replica, produciendo docenas de copias idénticas conocidas como “clones”.
4. Al replicarse las células huésped, las células descendientes heredan el DNA recombinante, creándose una población de células idénticas, que llevan todas la secuencia clonada.
5. Los segmentos de DNA clonados pueden recuperarse de las células huésped, purificarse y analizarse.
6. Potencialmente, el DNA clonado puede transcribirse, su mRNA puede traducirse, y el producto génico puede aislarse y examinarse. Fabricación del DNA recombinante.

              

Enzimas de restricción.
La piedra angular de la tecnología del DNA recombinante es un tipo de enzimas denominadas endonucleasas de restricción. Estas enzimas, aisladas en bacterias, reciben este nombre debido a que limitan o previenen las infecciones víricas degradando el ácido nucleico invasor. Las enzimas de restricción reconocen una secuencia específica de nucleótidos (denominada sitio de restricción) de una molécula de DNA de doble cadena, y cortan el DNA por esa secuencia. El premio Nobel de  1978 se otorgó a Werner Arber, Hamilton Smith y Daniel Nathans por su  investigación sobre las enzimas de restricción. Hasta la fecha, se han aislado y caracterizado casi 200 tipos de enzimas de restricción diferentes.
. El corte del DNA en  este sitio produce colas de cadena sencilla complementarias. Las colas de cadena sencilla resultantes pueden  unirse con colas complementarias de otros fragmentos de DNA para formar moléculas de DNA recombinante.
Las enzimas de restricción se denominan según el organismo en el que se descubrieron, utilizando un sistema alfanumérico. La enzima EcoRI proviene de Escherichia coli; HindIII se descubrió en Hemophilus influenzae. Hay dos tipos de enzimas de restricción:
• Las enzimas de Tipo I cortan las dos cadenas del DNA en una posición aleatoria a cierta distancia del sitio de restricción. No se utilizan normalmente en la investigación de DNA recombinante ya que el sitio de corte no es preciso.
• Las enzimas de Tipo II reconocen una secuencia específica y cortan las dos cadenas de la molécula de DNA con absoluta precisión dentro  de la secuencia reconocida. Se usan ampliamente en investigación de DNA recombinante puesto que cortan en sitios específicos. Las secuencias reconocidas por las enzimas de Tipo II son simétricas (“palindrómicas”), es decir, la secuencia de una de las cadenas leída en dirección 5' Ö 3' es la misma que la secuencia de la cadena complementaria leída también en dirección 5' Ö 3'.La enzima EcoRI corta las cadenas de manera escalonada dentro del sitio de reconocimiento, dejando extremos de cadena sencilla. Estas colas, que tienen secuencias nucleotídicas idénticas, son “pegajosas” (cohesivas), ya que pueden unirse a colas complementarias de otros fragmentos  de DNA mediante puentes de hidrógeno. Si moléculas de DNA de  diferente origen comparten los mismos sitios de reconocimiento  palindrómicos, ambas tendrán colas complementarias de cadena sencilla cuando se traten con una endonucleasa de restricción. Si  estos  fragmentos se ponen juntos bajo determinadas condiciones, los fragmentos de DNA de distinto origen pueden formar moléculas recombinantes estableciendo puentes de hidrógeno entre los extremos cohesivos. Luego se utiliza la enzima DNA ligasa para unir covalentemente los esqueletos azúcar-fosfato de los dos fragmentos, produciéndose así una molécula de DNA recombinante. Para formar moléculas de DNA recombinante, se corta DNA de distintas fuentes con EcoRI y se mezcla para que se unan formando moléculas recombinantes. Después  se utiliza la enzima DNA ligasa para unirlos covalentemente en moléculas de DNA recombinante. 





Enzimas de restricción.
La piedra angular de la tecnología del DNA recombinante es un tipo de enzimas denominadas endonucleasas de restricción. Estas enzimas, aisladas en bacterias, reciben este nombre debido a que limitan o previenen las infecciones víricas degradando el ácido nucleico invasor. Las enzimas de restricción reconocen una secuencia específica de nucleótidos (denominada sitio de restricción) de una molécula de DNA de doble cadena, y cortan el DNA por esa secuencia. El premio Nobel de  1978 se otorgó a Werner Arber, Hamilton Smith y Daniel Nathans por su  investigación sobre las enzimas de restricción. Hasta la fecha, se han aislado y caracterizado casi 200 tipos de enzimas de restricción diferentes.
. El corte del DNA en  este sitio produce colas de cadena sencilla complementarias. Las colas de cadena sencilla resultantes pueden  unirse con colas complementarias de otros fragmentos de DNA para formar moléculas de DNA recombinante.
Las enzimas de restricción se denominan según el organismo en el que se descubrieron, utilizando un sistema alfanumérico. La enzima EcoRI proviene de Escherichia coli; HindIII se descubrió en Hemophilus influenzae. Hay dos tipos de enzimas de restricción:
• Las enzimas de Tipo I cortan las dos cadenas del DNA en una posición aleatoria a cierta distancia del sitio de restricción. No se utilizan normalmente en la investigación de DNA recombinante ya que el sitio de corte no es preciso.
• Las enzimas de Tipo II reconocen una secuencia específica y cortan las dos cadenas de la molécula de DNA con absoluta precisión dentro  de la secuencia reconocida. Se usan ampliamente en investigación de DNA recombinante puesto que cortan en sitios específicos. Las secuencias reconocidas por las enzimas de Tipo II son simétricas (“palindrómicas”), es decir, la secuencia de una de las cadenas leída en dirección 5' Ö 3' es la misma que la secuencia de la cadena complementaria leída también en dirección 5' Ö 3'.La enzima EcoRI corta las cadenas de manera escalonada dentro del sitio de reconocimiento, dejando extremos de cadena sencilla. Estas colas, que tienen secuencias nucleotídicas idénticas, son “pegajosas” (cohesivas), ya que pueden unirse a colas complementarias de otros fragmentos  de DNA mediante puentes de hidrógeno. Si moléculas de DNA de  diferente origen comparten los mismos sitios de reconocimiento  palindrómicos, ambas tendrán colas complementarias de cadena sencilla cuando se traten con una endonucleasa de restricción. Si  estos  fragmentos se ponen juntos bajo determinadas condiciones, los fragmentos de DNA de distinto origen pueden formar moléculas recombinantes estableciendo puentes de hidrógeno entre los extremos cohesivos. Luego se utiliza la enzima DNA ligasa para unir covalentemente los esqueletos azúcar-fosfato de los dos fragmentos, produciéndose así una molécula de DNA recombinante. Para formar moléculas de DNA recombinante, se corta DNA de distintas fuentes con EcoRI y se mezcla para que se unan formando moléculas recombinantes. Después  se utiliza la enzima DNA ligasa para unirlos covalentemente en moléculas de DNA recombinante.










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